Seit 2004 pfeift Aytekin für den DFB, seit 2011 zählt der Referee auch zur Riege der FIFA-Schiedsrichter. Werder ist unter Aytekin noch ungeschlagen. Neben dem 0:0 in Wolfsburg gab es für die Schaaf-Elf unter der Leitung des gelernten Betriebswirts im DFB-Pokal einen 3:0-Erfolg gegen Kaiserslautern (28.10.2009) und einen 2:1-Sieg über Erzgebierge Aue (23.09.2008). In der Bundesliga trennten sich die Norddeutschen außerdem am 08.11.2008 0:0 vom VfL Bochum.