Sein Tod am 28. Dezember 2004 im Alter von nur 70 Jahren war ein Schock für die Grün-Weißen. Und auch über die Grenzen der Hansestadt hinaus herrschte im deutschen Fußball große Trauer. Denn Dr. Franz Böhmert prägte nicht nur während seiner langen Präsidentschaft von 1970 bis 1999 den SV Werder Bremen, sondern auch als Funktionär im Deutschen Fußball-Bund (DFB) und der Deutschen Fußball-Liga (DFL) die wichtigsten Verbände im nationalen Fußball. Von 1987 bis 2000 war Böhmert Vorstandsmitglied des DFB-Ligaausschusses, von 2000 bis Oktober 2004 Mitglied des DFB-Vorstands als Vorstand des Ligaverbandes DFL. Er ist Ehrenmitglied des DFB und der DFL sowie Träger der Goldenen DFB-Ehrennadel.
Zu den Grün-Weißen kam der im Jahr 1934 in Gröningen (heute Sachsen-Anhalt) geborene promovierte Mediziner im Jahr 1963 als Vereinsarzt. 1970 wurde Dr. Franz Böhmert zum Präsidenten gewählt und war damals der jüngste Vereinsboss in der Fußball-Bundesliga. Nach fast 30 Jahren Amtszeit übernahm er 1999 den Vorsitz des Werder-Aufsichtsrats, den er bis zu seinem Tod innehatte. Unter der Führung Böhmerts, von vielen nur „Doktor“ genannt, wurden die Grün-Weißen dreimal Deutscher Meister, gewannen viermal den DFB-Pokal und 1992 den Europapokal der Pokalsieger. Das „Double“ 2004 war wenige Monate vor seinem Tod die Krönung seines jahrzehntelangen Engagements für den SV Werder, das er stets parallel zu seiner langjährigen beruflichen Tätigkeit als ärztlicher Leiter des Bremer Klinikums „Links der Werder“ leistete.
„Franz Böhmert war eine beeindruckende Persönlichkeit und ein großartiger Botschafter für Werder, Bremen und den deutschen Fußball“, erinnert Werders Präsident und Aufsichtsratsvorsitzender Dr. Hubertus Hess-Grunewald. „Er hat unseren Verein mehr als drei Jahrzehnte lang geprägt, bis heute seine Spuren hinterlassen und war für viele ein väterlicher Freund. Mit seiner unvergleichlichen klugen Art, seiner Besonnenheit, Zuverlässigkeit und seinen menschlichen und integrativen Fähigkeiten hat er den SV Werder nicht nur durch die erfolgreichste Ära der Vereinsgeschichte geführt, sondern den Verein auch in schwierigen Zeiten auf Kurs gehalten. Sein Wirken hat weit über den Verein hinaus auf die Bundesliga und den deutschen Fußball ausgestrahlt. Franz Böhmert hat es zweifellos verdient, dass wir anlässlich seines 90. Geburtstags an ihn denken und seine Verdienste noch einmal würdigen.“
Kurz vor Weihnachten 2004 erlitt Dr. Franz Böhmert einen schweren Herzinfarkt, an deren Folgen er einige Tage später verstarb. Der SV Werder, die Stadt Bremen und der deutsche Fußball nahmen am 6. Januar 2005 im Rahmen einer Trauerfeier im Bremer Dom mit mehr als 1.000 Gästen Abschied. Im Juli 2005 wurde die Straße „Am Weserstadion“ offiziell in „Franz-Böhmert-Straße“ umbenannt.
