Bereits nach dem Meistertitel 1993 schnupperte Werder in der darauffolgenden Saison erstmals in der Champions League, dem ehemaligen Landesmeister-Wettbewerb. Seit dem Double 2004 sollte Werder auf Jahre Dauergast in jener europäischen Königsklasse werden. Es folgten Sternstunden gegen Teams wie Chelsea London, FC Barcelona oder Inter Mailand. Und nicht zuletzt ein Triumph im DFB-Pokal. Aber der Reihe nach:
Im Sommer 2004 verlässt Toptorjäger und Publikumsliebling Ailton die Meisterelf von Thomas Schaaf und wechselt zum FC Schalke 04. Sein Ersatz wird der Lauterer Miroslav Klose, der den Brasilianer adäquat ersetzt. Als sogenannter K&K-Sturm gehen Ivan Klasnic und Klose auf Torejagd für die Werderaner. In der Saison nach dem Double setzt sich Werder weiterhin in der Spitze der Bundesliga fest und wird schließlich Dritter. In der Champions-League übersteht Werder die Gruppenphase, scheitert allerdings mit zwei Klatschen am französischen Meister Olympique Lyon.
Zur Saison 2005/06 kehrt Torsten Frings an die Weser zurück, außerdem verstärkt Innenverteidiger Naldo das Team von Thomas Schaaf. In der Champions League, für die sich Werder gegen den FC Basel qualifiziert, erreicht Werder wiederum das Achtelfinale. Gegen Juventus Turin ist Werder sogar die bessere Mannschaft, verpasst aber eine vorzeitige Entscheidung und scheidet nach einem Torwart-Fehler von Tim Wiese, der als sogenannte "Wiese-Rolle" Schlagzeilen macht, doch noch aus dem Wettbewerb aus. Wiese etabliert sich als Nachfolger von Andreas Reinke in den nächsten Jahren zur festen Nummer eins im Tor der Bremer und entwickelt sich an der Weser sogar zum Nationaltorhüter. In der Liga wird Werder 2006 Vizemeister hinter den Bayern aus München. Den besten Knipser aber haben die Bremer. Miroslav Klose wird mit 25 Treffern Torschützenkönig der Bundesliga.
Im Sommer 2006 verlässt Mittelfeld-Regisseur Johan Micoud den Verein und kehrt zu seinem ehemaligen Klub Girondins Bordeux zurück. Werder holt im Gegenzug einen brasilianischen Ballkünstler aus Porto. Diego Ribas da Cunha streift das grün-weiße Trikot über und verzückt in der Folge Saison mindestens genauso, wie es Micoud zuvor getan hat. In der Champions League erwischt Werder eine Hammer-Gruppe mit Chelsea London, dem FC Barcelona und Levski Sofia und verpasst nach einem Heimsieg gegen Chelsea und einem Remis gegen Barca nur knapp das Achtelfinale. Dafür erreicht Werder das Halbfinale des UEFA-Cups, wo gegen Espanyol Barcelona Schluss ist. In der Liga qualifziert sich Werder als Dritter wiederum für die Königsklasse.
Die Saison 2007/08 startet allerdings ohne Miroslav Klose. Der Nationalstürmer wechselt zum FC Bayern. In der Bundesliga, in der Werder hinter dem FC Bayern Vizemeister wird, ist der 8:1-Heimsieg über Arminia Bielefeld einer der Höhepunkte der Saison. Weitere folgen auch wieder in der Champions League. Dort erweisen sich in der Vorrunde nicht etwa Real Madrid oder Lazio Rom als Stolpersteine der Schaaf-Elf. Denn gegen beide Vereine erringt Werder mitreißende Heimsiege. Allerdings verliert die Schaaf-Elf zwei Mal gegen Olympiakos Piräus. Für Werder geht es wieder im UEFA-Cup weiter. Dort ist gegen die Glasgow Rangers im Achtelfinale Endstation.
2008/09 beendet Werder die Saison nur auf den zehnten Platz. Dafür sind die Bremer in den Pokalwettbewerben ganz vorne mit dabei. Nach Platz drei der Champions League-Vorrunde stürmt Werder ins letzte UEFA-Cup-Finale vor dessen Umbenennung in Europa League. Zuvor hatte Werder den Nordrivalen HSV im Halbfinale ausgeschaltet. Es sind zwei von insgesamt vier Derbys innerhalb von 19 Tagen zwischen beiden Klubs. Auch im DFB-Pokal-Halbfinale behält Werder die Oberhand und gewinnt auch das Liga-Duell gegen die Elbstädter. Im UEFA-Cup-Endspiel unterliegen die Grün-Weißen Schachtjor Donezk schließlich knapp. Durch ein Tor von Mesut Özil, dem seit dieser Saison aufstrebenden Mittelfeld-Ass neben Diego, besiegt Werder dafür im DFB-Pokal-Endspiel Finalgegner Bayer 04 Leverkusen und gewinnt zum sechsten Mal den goldenen Pott.
Es war der letzte Titel für Diego. Der Brasilianer wechselt in der Folge zum italienischen Traditionsverein Juventus Turin. In der Liga spielt sich Werder im Jahr des 111-jährigen Vereins-Jubiläums wieder in die Bundesliga-Spitze. Mit einem fulminanten Endspurt erreichen die Bremer schließlich noch den dritten Platz und qualifizieren sich zum fünften Mal innerhalb von sechs Jahren für die Champions-League. In der Europa-League ist für Werder erst im Achtelfinale nach zwei fulminanten Spielen gegen den FC Valencia Schluss. Im DFB-Pokal schaffen es die Grün-Weißen sogar bis ins Finale. Den Titel kann der SV Werder allerdings nicht verteidigen. Die Mannschaft verliert das Endspiel gegen den FC Bayern mit 0:4.
