Nachdem sich der ehemalige Manager, bereits vor seiner Zeit bei Werder, in der Geschäftsführung des SPD-Landesverbandes Bremen befand, ging er 1999 zurück in die Politik. Neben seiner Position als Senator für Bildung und Wissenschaft im Senat der Freien Hansestadt Bremen, übernahm er 2007 das Amt des Senators für Inneres und Sport. Nur ein Jahr später wurde Lemke sogar von der Bundesregierung für das Amt des UN-Sonderberaters für Sport im Dienste von Frieden und Entwicklung eingesetzt.
Doch der SV Werder Bremen wollte ihn nie so wirklich loslassen. Seit 2003 gehörte er zum Aufsichtsrat und wenig später war er auch Vorsitzender des Gremiums, das er bis 2014 anführte. Und auch nach seiner offiziellen Zeit an der Weser, steht er dem Verein weiterhin zur Verfügung. Sei es ein Besuch der 60Plus-Abteilung, mit denen er über seine Position des UN-Sonderberaters sprach, oder als Botschafter für "Lebenslang aktiv." Willi Lemke engagiert sich auch außerhalb des Vereins für zahlreiche Stiftungen und Hilfsprojekte. Außerdem zählt er zu den Ehrenmitgliedern des Vereins.