Zum Heimauftakt gegen den 1. FC Köln veränderte Cheftrainer Thomas Schaaf die Elf der Grün-Weißen im Vergleich zum Rückspiel der Champions-League-Qualfikation unter der Woche bei Sampdoria Genua auf zwei Positionen. So verteidigte Sebastian Boenisch gegen die Rheinländer auf der linken Position der Viererkette für Petri Pasanen und Neuzugang Marko Arnautovic rückte für Sandro Wagner in die Startformation.
Das Spiel begannen die Grün-Weißen jedoch genau so, wie sie am Dienstag in Genua aufgehört hatten. Es waren gerade einmal zwei Minuten gespielt, als Clemens Fritz mit einem langer Ball Claudio Pizarro suchte, der jedoch einen Schritt zu spät kam und den Ball nicht mehr erreichen konnte und nur wenige Sekunden später nutzte Pizarro einen Fehlpass der Kölner im Aufbau, bediente Marko Arnautovic, der mit seinem Schuss das Gehäuse der Kölner knapp verpasste (3.). Nach diesen beiden Gelegenheiten zu Beginn dauerte es bis zur 23. Minute, bis es mal wieder gefährlich wurde, doch der Schussversuch von Marko Marin konnte von Pezzoni noch entscheidend abgefälscht werden und ein Volleyschuss von Arnautovic landete neben dem Tor von FC-Keeper Mondragon (26.).
Frings und Arnautovic für Werder – Podolski für Köln
Wenige Minuten nach dieser Gelegenheit des Österreichers suchte Marko Marin im Strafraum der Kölner das Eins gegen Eins und wurde dabei von Petit regelwidrig zu Fall gebracht. Schiedsrichter Marco Fritz entschied auf Strafstoß, den Torsten Frings kompromisslos in die Mitte des Tores zur 1:0-Führung versenkte (32.). Diese Führung baute Neuzugang Marko Arnautovic bei seinem Heimdebüt nur drei Minuten später weiter aus, als er nach einer Flanke von Sturmkollege Pizarro aus kurzer Distanz mit dem Kopf zur Stelle war (36.) und Mondragon dabei keine Chance ließ. Doch mitten in den Jubel der Grün-Weißen verkürzte Lukas Podolski mit der ersten Chance der Gäste nach Flanke von Novakovic ebenfalls per Kopf auf 1:2 (37.). In dieser Phase ging es Schlag auf Schlag und so tauchte Claudio Pizarro wiederum nur wenige Augenblicke später nach einem langen Ball aus dem Mittelfeld vor Mondragon auf, doch der FC-Keeper konnte den Lupfer des Peruaners vereiteln (38.). Die letzte Möglichkeit des ersten Durchgangs hatte Tim Borowski, dessen Schuss jedoch deutlich über dem FC-Gehäuse landete.